Prima del 2002, la supervisione del settore finanziario tedesco era svolta da tre istituzioni indipendenti. Con l'approvazione del Financial Services and Integration Law, BaFin è stata fondata nel maggio 2002. Lo scopo del decreto e la fusione delle tre istituzioni è quello di creare un'agenzia di regolamentazione finanziaria globale in grado di coprire tutti i mercati finanziari. Le istituzioni unite sono l'Ufficio federale di vigilanza bancaria, l'Ufficio federale di vigilanza sugli scambi di titoli e l'Ufficio federale di vigilanza delle assicurazioni. Con l'approvazione della legge bancaria del 2003, BaFin ha assunto ulteriori responsabilità, il cui scopo è migliorare la protezione dei clienti e rafforzare la reputazione del sistema finanziario tedesco, nonché monitorare la credibilità degli istituti finanziari e raccogliere informazioni dettagliate sui Diritti extra. Questa responsabilità speciale è condivisa con la Bundesbank. Attualmente, poiché la Banca centrale europea si assume la responsabilità di sovrintendere al settore bancario, BaFin è in una fase di transizione.