Cơ quan Giám sát Tài chính được thành lập ngày 1 tháng 1 năm 2002, kết hợp với các chức năng của Cơ quan Giám sát Ngân hàng của Eesti Pank và Cơ quan Giám sát Bảo hiểm và Cơ quan Thanh tra Chứng khoán của Bộ Tài chính. Đây là một cơ quan giám sát tài chính và giải quyết khủng hoảng với trách nhiệm và ngân sách tự quản, có thể thay mặt Estonia thực hiện việc ra quyết định độc lập.